Záleží na pořadí volání metod v Nette\Config\Configurator

<?php
$configurator = new Nette\Config\Configurator;
$configurator->enableDebugger(TEMP_DIR . '/logs');
$configurator->setTempDirectory(TEMP_DIR);
$configurator->setProductionMode($_SERVER['REMOTE_ADDR']);
throw new Exception('test'); //mi vyhodí Server Error. (bez laděnky)..
?>

Ale jiné pořadí metod

<?php
$configurator = new Nette\Config\Configurator;
$configurator->setProductionMode($_SERVER['REMOTE_ADDR']);
$configurator->enableDebugger(TEMP_DIR . '/logs');
$configurator->setTempDirectory(TEMP_DIR);
throw new Exception('test'); //mi vyhodí laděnku
?>

takže některá metoda „přebije“ jinou.
Asi to není chyba na https://doc.nette.org/cs/configuring se píše: „Rozpoznává se podle stejného principu. Režim zjistíte metodou isDebugMode() a nastavíte pomocí setDebugMode(). Hodí se především, pokud aktivujete debugger pomocí enableDebugger(), která musí následovat až po nastavení režimu.“

PHP 5.3.3–2
Apache/2.2.16 (Debian)
Nette Framework 2.0.3 (revision eb558ae released on 2012–04–04)