jak správně postupovat při použití Doctrine 2

V mé aplikaci mám Doctrine 2 integrováno podle Pandova řešení. Dříve jsem používal Dibi. Nyní se pokouším starý kód přepsat na Doctrinu, ale některé situace nevím jak ideálně vyřešit. Příklady:

1. náhrada za dibi::fetch(), která vrací pole hodnot. Dříve jsem pro naplnění formuláře z db použil $form->setValues(dibi::fetch(...));, nyní mě Doctrine vrací entitu, která nic takového neumožňuje. Dopsal jsem si tedy do baseEntity svojí metodu pro návrat hodnot v poli.

public function getValues()
	{
		$data = array("id"=>$this->id);
		$vars = \get_class_vars(\get_class($this));
		foreach($vars as $key=>$var){
			try{
				$reflection = new \Nette\Reflection\PropertyReflection(\get_class($this), $key);
			}catch(\Exception $e){

			}
			if($reflection->hasAnnotation("column")) $data[$key] = $this->{$key};
		}
		return $data;
	}

Nyní mohu psát $form->setValues($entita->getValues());. Obdobně mám i $entita->setValues(). Nejsem si jistý, zda-li je toto řešení čísté.

2. náhrada za dibi::query()->fetchAssoc();. Když použiju například $menu = $this->em->createQuery('SELECT u FROM Menu u WHERE u.parent IS NULL ORDER BY u.order')->getResult();, dostanu pole entit bez definovaných klíčů. To samé platí i u kolekcí v entitách (tedy vazby @oneToMany), chtěl bych docílit docílit, aby vrácené pole bylo asociováno podle klíče (popřípadě i jiného sloupce). Jak?
3. Předpokládám, že Entity jsou součástí modelu. Chci si vytvořit model pro práci s menu. Mám tedy jednu třídu pro entitu Menu. Pak bych chtěl mít někde svojí vlastní metody, které pracují nad rámec jedné entity. Třeba addItem($name, $parent = Null) pro přidání nové položky. Kam tuto metodu umístit? Do entity jako static metodu, nebo mám vytvořit novou třídu se static metodama? Nejvíce by se mi líbilo řešení umístit tuto metodu do třídy EntityRepository, kterou používá entita Menu.