Nette-minified + phar, a co ostatní knihovny?

Ne. Pokud použiješ správně nastavenou opcode cache tak je to úplně jedno.

Jde to nastavit tak agresivně, že to nebude vůbec sahat na disk po prvním načtení.

opcache.enable=1
opcache.enable_cli=0
opcache.memory_consumption=128
opcache.interned_strings_buffer=12
opcache.max_accelerated_files=4000
opcache.validate_timestamps=0
opcache.fast_shutdown=1
opcache.save_comments=1
opcache.load_comments=1
opcache.verbosity_level=2

Je potom taky potřeba mít nějaký deploy script, který smaže nejenom cache z temp/ ale i flushne opcode cache, například takto

if (function_exists("opcache_reset")) {
        opcache_reset();
}

if (function_exists("apc_clear_cache")) {
        apc_clear_cache();
        apc_clear_cache("user");
}

Minifikace se s PHP 5.5+ už prostě nevyplácí. Dává smysl pouze pokud si platíš mizerný sdílený hosting. Vždycky jde ale sehnat lepší za podobné peníze. Pokud tě trápí rychlost projektu a ovlivňují tě i tyhle „drobnosti“, nemá smysl si to komplikovat. Prostě si sežeň lepší hosting.

Mimo jiné tím, že jsi ochotný se spokojit s ubohým hostingem (pokud tedy fakt máš sdílený s 5.3, což je furt dost klasika), kde není PHP 5.5, tak pomáháš brzdit vývoj jazyka, který používáš. Ty jsi zákazník a pokud nebudeš dupat na hosting že chceš kvalitu, tak se tohle nikdy nezlepší.